上海伯豪三代测序服务助力梭状芽胞杆菌研究

时间：2015-11-24 00:00:00 来源：网络整理

研究背景：
含碳气体，如CO、CO2等，是重要的碳资源。构建能够高效利用含碳气体的人工细胞工厂，实现将其生物转化为石油基化学品，将为解决全球资源和能源问题开辟一条新路，对工业可持续发展具有重大意义。梭菌是一类重要的可利用含碳气体产生各类化学品的厌氧微生物。而其中，Clostridium carboxidivorans p7T是为数不多的可合成长链醇（如正丁醇和己醇）的自养菌。鉴于Clostridium carboxidivorans p7T的良好工业应用前景，其全基因组序列的完成对于在分子水平研究和改造该菌至关重要。

文章亮点：
1．首次完成该厌氧菌的全基因组精图及注释。
2．发现与其主要产物合成相关关键基因，为后续代谢工程改造奠定基础。

结果分析：
我们利用二代测序仪MiSeq System和三代测序仪pacBio RS II system，成功完成p7的全基因组测序及拼接工作，并进行了全基因组注释（图1）。拼接及注释结果表明：C. carboxidivorans p7全基因组总大小为5.73 Mbp，包含5,732,880 bp的环形染色体和19,902 bp的大质粒，GC含量29.9%；利用NCBI pGAp预测共有4973个基因编码序列，11个rRNA，71个tRNA(表1)。（该研究中pacBio RS II测序服务由上海伯豪生物技术有限公司提供）

图1 C. carboxidivorans p7染色体图谱

表1 本研究得到的C. carboxidivorans p7全基因组与已报道草图比较结果

Bruant et al. (2010)

paul et al. (2010)

本研究

测序平台

454 FLX

pacBio RS II

基因组大小 (Mbp)

5.63

4.4

5.73

质粒大小 (bp)

19,899

−

19,902

GC含量 (%)

29.7

29.9 (c), 27.5 (p)

CDS

5,347

4,174

4,951(c)+22 (p)

rRNAs (5S, 16S, 23S)

tRNAs

c: chrosome; p: plasmid; -: no data presented.

原文出处：Li N, Yang J, Chai C, Yang S, Jiang W, Gu Y. Complete genome sequence of Clostridium carboxidivorans p7(T), a syngas-fermenting bacterium capable of producing long-chain alcohols.J Biotechnol. 2015.

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