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摘要
肝脏是一个重要的代谢器官,它在脂类合成、降解以及转运过程中都发挥着极其重要的作用,然而,鸡的脂类代谢的分子调控机制至今仍不清楚。本研究采用RNA测序技术探讨了青年鸡与产蛋鸡肝脏脂类代谢相关基因间的表达差异,结果表明,与青年鸡相比,产蛋鸡在转录水平发生变化的基因大多与脂肪代谢有关,同时发现了一批新的基因以及可变剪接体,它们的功能也可能与肝脏脂肪代谢相关,但还需进一步加以验证。本研究提供了产蛋鸡肝脏表达谱的重要信息,为进一步深入研究鸡肝脏脂质代谢分子机制,以及提高家禽产蛋性能和肉质品质奠定了基础。该研究中RNA-Seq服务由上海伯豪生物技术有限公司提供。
研究思路
研究结果
1. 青年鸡与产蛋鸡肝脏表达谱差异。以青年鸡(n=3)和产蛋鸡(n=)的肝脏总RNA为测序分析基础。与青年鸡相比,在产蛋鸡中共有2567个差异表达基因(其中1082个基因上调,1485个基因下调),其中有960个基因的表达差异极显著且相差2倍以上。
2. 新基因和新的可变剪接体。发现了198个表达差异极显著的新基因,其中的大多数(91个上调,107个下调)都高效表达,并且确定了332个表达差异极显著基因的可变剪接体。
3. 生物过程分析。表达差异极显著的基因中最显著的GO分析包括脂质合成、胆固醇和甾醇的代谢和氧化还原,表明脂肪生成主要在产蛋鸡的肝脏中进行。
4. 通路分析。GO富集和KEGG通路分析表明,表达差异极显著基因大多数富集在类固醇生物合成、ppAR信号通路、不饱和脂肪酸的生物合成、甘油磷脂代谢、三大氨基酸通路以及丙酮酸代谢途径。
原文出处:
Hong Li, Taian Wang, Chunlin Xu, Dandan Wang, Junxiao Ren, Yanmin Li, Yadong Tian, Yanbin Wang, Yuping Jiao, Xiangtao Kang, and Xiaojun Liu. Transcriptome profile of liver at different physiological stages reveals potential mode for lipid metabolism in laying hens. BMC Genomics. 2015, 16:763
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