人类癌症类器官的甲基化图谱公开

时间：2020-05-14 00:00:00 来源：网络整理

过往的肿瘤体外研究一直都依赖各种肿瘤细胞系在培养皿或培养瓶中以单层平面二维（2D）形式培养，而单层平面生长的肿瘤细胞无论从形态结构和功能上都难以真正反映三维原发性肿瘤的特性。甚至有观点认为肿瘤细胞为适应在塑料表面上单层生长已经发生了某种改变。这也可能部分解释了许多看来很有希望的癌症治疗实验成果在转化为临床实践时却失败的原因。

对于实体瘤的研究，用称为类器官的3D培养细胞能够更好的反映原始肿瘤特征，对于研究肿瘤细胞之间通讯、实体瘤结构形成、肿瘤细胞表观遗传学变化以及细胞迁移侵袭等特征更具优势。但是每个实验室可能有不同的样本来源、用自己的培养方法来建立这些3D肿瘤模型，这可能导致实验结果在不同实验室之间难以重复、妨碍了所获得数据的进一步验证和引用。为了解决这个问题，人类癌症模型倡议组织（Human Cancer Models Initiative，HCMI，其中包括美国国家癌症研究所（NCI），英国癌症研究（CRUK），惠康桑格研究所（WSI）等）选择了美国ATCC标准培养物资源库为科学界提供类器官模型（https://www.lgcstandards-atcc.org/hcmi）。但是，目前还没有这些样品的表观遗传学信息，人类癌症类器官的DNA甲基化谱图在很大程度上是未知的。来自Josep Carreras白血病研究所（IJC）主任Manel Esteller博士领导的一个研究小组刚刚在《Epigenetics》期刊上发文介绍了对ATCC提供的25种人类癌症类器官3D模型的表观遗传分析。

研究人员用来自Illuminar的一种能拷问超过850,000个CpG位点的微阵列芯片 Epigenetic Infinium MethylationEpIC BeadChip (EpIC)，对ATCC提供的25种人类癌症类器官进行DNA甲基化状态做图景分析。结果发现所研究的类器官能更好地保留原发组织的表观遗传背景，更接近相应原发肿瘤的DNA甲基化分布。分析结果还表明这些类器官没有正常细胞的污染，很适合不受干扰的分析。所获得的DNA甲基化数据免费对所有人开放以便于进一步的数据挖掘。完整的DNA甲基化数据可在GEO储存库中免费获得，登录号为GSE144213：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE144213
这篇文章提供了25种人类癌症类器官的表观遗传指纹特征。已开发的研究表明，这些肿瘤模型对生物医学研究界和制药公司开发抗癌药物非常有用。

了解一下Illuminar表观遗传分析芯片

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