简单快速高性价比实现微生物组学从样本制备到菌株水平鉴定

时间：2020-04-21 00:00:00 来源：网络整理

如果你是微生物组学专家需要提高研究成果，而：
——目前的方法难以分析难裂解微生物如Gram+菌；
——需要测序许多样本并且增加数据产出；
——短16S扩增子不能区分菌株并且限制了实验结论；

如果你做转化医学需要确定菌株来了解病原性，而：
——由于16S短扩增子的限制只能鉴别到门或属；
——目前针对16S区域测序的短读长在数据分析时易丢失数据；
——用于菌株Strain ID 鉴别的Shotgun 宏基因组测序成本高且需要信息学专业知识；

如果你是刚刚开始微生物测序，需要更快速的发表更好的数据，而：
——目前的方法又繁琐又难；
——没有信息学专业知识来设计pCR引物或分析数据；
——数据太少不适合发表；

如果你的样本量非常少，而：
——目前的样本制备方法对于微量样本如皮肤、拭子、昆虫、组织活检样本，得率太低；
——处理步骤太多，导致样本损失，微生物检测受限；

现在基因有限公司的合作伙伴Shoreline Biome来了！这是一家位于Farmington的致力于微生物组学研究解决方案的公司，提供从微生物样本制备到数据分析的全套解决方案：

样本制备到数据分析全套解决方案

——提供市面**的一个试剂盒包含微生物裂解到DNA提取到pCR扩增全套易用方案，从样本裂解到纯化到扩增，所有试剂盒都是一样的处理流程，减少使用不同厂家的批间差异，下游测序可选illumina或者pacbio平台；
——市面上**一款针对三代测序pacbio的微生物16-23S全读长 StrainID kit，鉴定到株（strain）成为可能；
——提供从核酸提取到pCR扩增和配套的微生物生信分析软件，可以使研究者更好的利用NGS技术实现菌株水平的微生物鉴定；
——简单快速裂解样本，低样本起始量；
——即用型双端barcode pCR引物，高保真一步法pCR；

Shoreline Biome 微生物组学全套解决方案

试剂盒特点：

▪裂解难裂解的微生物；
▪提取高质量高分子量DNA；
▪充分考虑核糖体RNA结构和功能的智能引物设计，确保完整的微生物覆盖度；
▪**的引物设计减少扩增偏好性；
▪一步法pCR添加独特的双端barcodes，减少index hopping ，增加有效reads。

Microbe ID：Strain ID 成功鉴别了所有137种E.Coli 菌株，并且找到了新菌株。

SBanalyzer software分析软件：

▪Demultiplexes，*大化增加有效reads
▪菌株水平微生物鉴定；
▪识别并binning新菌株；
▪依据Athena 参考数据库；

SBanalyzer software分析软件

想了解更多微生物组学研究方法？想要使您的微生物组学研究更进一步？点击下面链接观看由Shoreline Biome 联合创始人和首席科学家Mark Driscoll, ph.D主讲的“Simple Microbe analysis”讲座吧！

讲座题目：Simple Microbe Analysis with the Shoreline Complete StrainID Kit
主讲人：Mark Driscoll, ph.D Shoreline Biome 联合创始人和首席科学家
讲座内容：Shoreline 完整的StrainID kit、SBanalyzer software、Athena数据库是**个全面、快速、便宜的对所有微生物进行菌株水平定位的方案。Mark Driscoll, ph.D 带你了解这一新的简便微生物组学流程和分析方案。

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