敢于在基因组中留下空白

时间：2022-01-04 00:00:00 来源：网络整理

遗传信息的使用在现代植物育种中是必不可少的。尽管自2003年人类基因组首次被破译以来，DNA测序已经变得便宜得多，但收集完整的基因信息仍然是动植物育种成本的很大一部分。降低这些成本的一个技巧是只对一个非常小的随机选择的基因组部分进行测序，并使用数学和统计技术来完成剩余的缺口。一个跨学科研究团队已经为此开发了一种新的方法，并发表在《pLoS Genetics》杂志上。

哥廷根综合育种研究中心的托尔斯滕·波克博士说：“该方法的核心思想是识别‘单倍型块’，即基因组中由于遗传原因而在不同植物中非常相似的较长片段，并使用这种镶嵌结构来编译其余信息。在育种群体中，用这种新方法完成的序列质量相当于从DNA链收集的信息量的一百倍。”作为MAZE项目的一部分，研究人员的目标是培育对霜冻和干旱伤害敏感性较低的玉米植株。该项目的合作伙伴KWS Saat SE已经在育种计划中使用该方法，因为它具有成本效益。

波克说：“另一个优点是，这种方法不仅可以让我们检测DNA链中单个核苷酸的差异，还可以识别迄今为止实际上无法用于育种目的的结构差异。”

然而，目前的情况是，这种方法只能有效地用于植物育种中的自交系。一项后续研究计划将该方法推广到具有规则双染色体组的生物体。这意味着他们的新方法可以用于大多数脊椎动物，包括人类。

原文链接：Torsten pook et al.Increasing calling accuracy, coverage, and read-depth in sequence data by the use of haplotype blocks. pLoSGenetics (2021). Doi:10.1371/journal.pgen.1009944

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