scDIOR软件打通单细胞组学R/Python平台壁垒

时间：2022-01-16 00:00:00 来源：网络整理

1月6日，陈捷凯课题组开发的单细胞数据IO软件“scDIOR”于BMC Bioinformatics杂志在线发表。该软件统一了多种单细胞分析工具的数据结构，使单细胞数据能够在不同平台间快速转换，减少存储和内存消耗，将显著提升单细胞研究的效率。

单细胞测序应用极广，其数据具有样本量大、信息量大、统计和挖掘极为复杂等特点，科学家往往需要不断切换不同软件，不同平台来满足分析需求。然而，单细胞数据在不同平台之间的传输存在技术障碍，导致科学家将大量的时间花费在数据转换上，严重影响研究效率。

为了解决上述问题，陈捷凯课题组开发了软件scDIOR，统一了R和python平台的三种主流的数据结构，即Seurat，SingleCellExperiment和Scanpy。通过scDIOR，单细胞数据以统一的H5格式保存，无论从哪个平台开始，只需两行代码就可实现单细胞数据在不同工具包之间的快速转换，支持转录组和空间组等多种数据类型（可继续迭代增加），最大程度地保留了原始信息。因此，scDIOR可以快速比较一项分析任务在不同工具包的差异；依托H5文件格式的“组”，提供部分数据读取功能，大幅度减少内存消耗和时间消耗；设计了命令行指令，可实现批量数据转化。综上所述，scDIOR可以应用建立一个标准的单细胞数据结构，将不同工具的优势连接起来，帮助科学家更高效地完成单细胞的研究工作。

本研究在陈捷凯研究员和林立惠博士指导下，由生物岛实验室实习研究员冯辉坚完成。软件已经过大量用户使用优化，可在GitHub下载（链接 https://github.com/JiekaiLab/scDIOR），也欢迎提出宝贵意见（可发至[email protected]）。

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scDIOR软件打通单细胞组学R/Python平台壁垒