RNA测序改善了儿童癌症的基因融合检测

时间：2022-02-24 00:00:00 来源：网络整理

近20%的癌症和转移是由基因融合引起的，这使得基因融合的检测对于准确诊断、预后和治疗至关重要。然而，目前的诊断方法，比如RT-pCR、FISH（荧光原位杂交）、核型分析和SNp（单核苷酸多态性）阵列往往无法检测到基因融合。

荷兰玛西玛公主儿童肿瘤中心的科学家近日发表了一项新研究，表明RNA测序可以克服传统诊断方法在识别基因融合方面的局限性。研究人员对24个带有已知基因融合的样本进行RNA测序以验证他们的方法，随后还对244名患者开展了前瞻性RNA测序以及常规诊断。

这篇题为“Improved Gene Fusion Detection in Childhood Cancer Diagnostics Using RNA Sequencing” 的文章发表在《JCO precision Oncology》杂志上。通讯作者是玛西玛公主儿童肿瘤中心的诊断实验室主任Bastiaan Tops医学博士。

作者指出：“我们在244例前瞻性队列中发现了83例与临床相关的基因融合。”这244例病例是2018年年底至2019年年中期间被转诊至玛西玛公主儿童肿瘤中心的疑似癌症患儿。

研究人员通过常规诊断和RNA测序发现了60例融合病例，仅仅通过常规诊断发现了一例融合病例。然而，RNA测序还能检测到常规诊断无法检测到的24个融合，将诊断率提高了38-39%。与大多数常规技术相比，RNA测序还有一个额外的好处，那就是具有鉴定参与基因融合的两个基因伙伴。

Bastiaan Tops博士称：“RNA测序我们以前就已经用过，但仅限于那些病情严重、标准疗法不起作用的儿童。在玛西玛公主儿童肿瘤中心，我们将RNA测序添加到标准诊断程序中。我们的新研究表明，这种方法正在取得成效。”

“我们在诊断时可以看到儿童肿瘤的完整基因图谱，因此我们能立即与患儿的医生讨论治疗可能产生的后果。这意味着我们可以根据最新的科学信息为癌症患儿提供最好的机会，”他说。

文中特别提到了两名患者，在RNA测序发现新融合后，医生开始采用更有靶向性的治疗方案。

对于一名女孩，病理学家一开始判断其患有隆突性皮肤纤维肉瘤，但检测到的EML4-NTRK3融合表明她患有婴儿型纤维肉瘤（IF），这是一种软组织肿瘤。由于带有NTRK融合，她参加了一项临床试验，接受了一种新的靶向药物。

对于另一名1岁的男孩，最初的诊断结果为胶质母细胞瘤，但甲基化分析将其分类为婴儿大脑半球胶质瘤，这种肿瘤预后较好。RNA-seq分析鉴定出ZCCHC8-ROS1融合。当标准疗法不起作用时，医生给他开了一种精准药物，让他的病情又稳定了一年。

玛西玛公主儿童肿瘤中心的团队负责人patrick Kemmeren医学博士表示：“在这项研究中，我们表明分析全部肿瘤RNA的单项检测几乎将检测儿童癌症遗传缺陷的灵敏度提高了1.5倍。”

“我的团队对儿童癌症中的DNA和RNA异常进行了更广泛的研究。如果我们发现新的异常，就会立即将它们作为新诊断的一部分，甚至对已经接受治疗的儿童进行回顾性检测。通过这种方式，患有癌症的儿童能够尽快从基础研究的新发现中受益。”

作者预计，在不久的将来，RNA测序将取代传统方法来诊断癌症相关的基因异常。

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Improved Gene Fusion Detection in Childhood Cancer Diagnostics Using RNA Sequencing