新筛选工具“SeqScreen”发现隐藏的病毒DNA
莱斯大学的计算机科学家和他们的合作者开发了SeqScreen程序，该程序可以筛选短的DNA序列，无论是合成的还是天然的，以确定它们的毒性。
某些细菌和病毒可以导致疾病是理所当然的，但真正的罪魁祸首是这些微生物基因组中的序列。
要把它们揪出来就容易多了。
莱斯大学的计算机科学家和他们的同事们多年的工作已经导致了一个改进的平台，用于DNA筛选和致病序列表征，无论是自然发生的还是合成的，在它们有机会影响公共健康之前。
莱斯大学的计算机科学家Todd Treangen和Signature Science LLC的基因组专家Krista Ternus领导了这项研究，开发了SeqScreen程序，该程序可以准确地描述短DNA序列，通常被称为寡核苷酸。
Treangen说，SeqScreen旨在改进对广泛致病序列的检测和跟踪。
Treangen说:“SeqScreen是首个用于合成DNA筛选的开源软件工具包。“我们的项目在公司、个人和政府机构之前的DNA筛查技术基础上进行了改进。”
这项研究发表在《Genome Biology》杂志上。
SeqScreen利用德克萨斯州奥斯汀Signature Science公司合作伙伴的工作，整理了一个包含数千个基因序列的数据库，这些序列代表了32种致病功能。Treangen说:“这个精心设计的数据库花费了多年的生物创建和审查，是SeqScreen机器学习算法训练数据的核心。”
该公司去年与Treangen公司合作发现了SARS-CoV-2突变，这些突变可能使微变体对抗体(包括来自疫苗接种的抗体)更具耐药性。他说:“SeqScreen是第一位的，它的一些想法延续到了COVID项目中。”
但SeqScreen的范围更广。
“我们专注于识别关注序列的功能——我们称之为FunSoCs——而以前的筛查方法更关注‘你是这种细菌吗?或者“你是这个病毒吗?””Treangen说。“SeqScreen并不关注样本中哪些细菌或病毒的名称。相反，我们想知道样本中是否有有害的序列，比如能破坏人类细胞的毒素。”
他说，关注所关注的功能是重要的，因为细菌很容易通过水平基因转移交换DNA。
Treangen说:“我们在发表的文章中强调了一些细菌的基因组基本上是相同的，只是其中一种细菌的基因组序列有问题，比如毒素，而另一种没有。SeqScreen真正专注于代表毒性因素的功能的存在或缺失。”
他说，SeqScreen还将有助于从环境中检测新的或新出现的病原体。
莱斯大学的研究生Advait Balaji和Bryce Kille是这篇论文的共同主要作者。
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