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真假小丑鱼？基因组分析揭开小丑鱼的秘密

时间：2022-07-26 10:23:19 来源：网络整理

许多人对小丑鱼的认识都来自于《海底总动员》这部电影。不过，也许你还不知道，事实上有两种小丑鱼——真小丑鱼和假小丑鱼。

电影中的尼莫和马林是真正的小丑鱼（海葵双锯鱼，Amphiprion percula），分布在澳大利亚和一些太平洋岛屿周围，而眼斑双锯鱼（Amphiprion ocellaris）则被称为假小丑鱼，生活在日本冲绳、东南亚和菲律宾的珊瑚礁内。

这两种小丑鱼看起来也略有不同。海葵双锯鱼有10枚背鳍硬棘，身上有粗黑色条带，眼睛周围是橙色；而眼斑双锯鱼有11枚背鳍硬棘，有细的黑色条带，眼睛周围呈深色。

最近，日本冲绳科学技术学院研究生院的研究人员在《G3-Genes Genomes Genetics》发表了眼斑双锯鱼的基因组。这揭示了将小丑鱼与海葵鱼家族其他成员区分开来的70个基因，其中一些与神经生物学功能有关。

文章作者Vincent Laudet表示：“我们可以将假小丑鱼作为研究生态、进化、适应和发育生物学的模式物种。”研究人员希望这个新发表的小丑鱼基因组能成为许多生物学研究的有用资源。

之前的研究已经发表了真小丑鱼的基因组。然而，对假小丑鱼的研究只有一些分散的基因，对其染色体水平的排列知之甚少。这项研究报告了染色体水平上的高质量基因组，便于人们了解两种不同的小丑鱼，并更好地了解它们的生活环境。

两种小丑鱼都属于海葵鱼亚科，该亚科总共有28种鱼类。“从进化的角度来看，这两种小丑鱼与亚科内的其他26种鱼是分开的，”领导这项研究的Taewoo Ryu评论道。“我们想了解是什么让它们与众不同。”

本实验中所用的假小丑鱼采集自日本冲绳恩纳村附近的海域。研究人员利用pacBio长读长测序和Hi-C染色体构象捕获技术来构建眼斑双锯鱼的基因组。新的基因组组装包含1,551个重叠群，N50长度为86 Mb。最终，他们将861.42 Mb的基因组序列成功锚定到24条染色体上。

他们发现，有70个基因仅存在于两种小丑鱼的基因组中，而不存在于该亚科其他成员的基因组中。此外，他们观察到一组基因与神经生物学功能相关，这些基因可能会影响它们的行为和生态。

资深作者Timothy Ravasi总结道：“我们已经利用发表的基因组获得了一些研究成果，并有望进一步研究气候变化对该物种的影响。”他认为，这一资源为启动其他实验提供了新的基准。

原文检索

Taewoo Ryu, Marcela Herrera, Billy Moore, Michael Izumiyama, Erina Kawai, Vincent Laudet, Timothy Ravasi, A chromosome-scale genome assembly of the false clownfish, Amphiprion ocellaris, G3 Genes|Genomes|Genetics, Volume 12, Issue 5, May 2022, jkac074, https://doi.org/10.1093/g3journal/jkac074

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