中科院、首都医科大新成果：单分子测序的精确甲基化组分析

时间：2015-12-31 00:00:00 来源：网络整理

肺结核（TB）是结核分枝杆菌复合群（MTBC）造成的常见传染病。现有抗生素能够缓解肺结核的症状，但治疗往往持续数月而且还无法将其完全根除，导致这种疾病在治疗数年后频频复发。

中科院、首都医科大等机构的研究人员对MTBC进行了深入研究。他们发现，单分子实时测序可以实现精确的甲基化组分析。这项研究发表在前不久的Nucleic acid research杂志上，文章的通讯作者是中科院北京基因组研究所的陈非和首都医科大学附属北京胸科医院的黄海荣。（延伸阅读：pNAS发布人类胎盘甲基化组）

为了全面了解MTBC的基因组甲基化，研究人员采用pacBio的单分子实时测序技术（SMRT）完成了12个MTBC菌株的基因组，并且分析了它们甲基化组的特征。研究人员鉴定了三个m6A序列模体及其相应的甲基转移酶（MTase）基因，包括已知的mamA、hsdM和新发现的mamB。他们还通过实验验证了HsdM和MamB的甲基化模体和功能。

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研究显示，上述12种菌的MTase活性并不相同。单分子测序可以揭示每个修饰位点的甲基化状态，得出特定MTBC菌株的精确甲基化组。未修饰的位点大多与转录因子的结合区域重叠，这可能为这些位点提供了保护，使其不被甲基化。

这项研究说明，SMRT平台在甲基化组精确分析上很有潜力，能显著增强我们对DNA MTase功能的了解。

作者简介：

陈非 “****”研究员，博士生导师

学习经历：1992年9月-1996年6月四川大学微生物学专业，学士；2000年9月-2003年12月吉林大学生物化学与分子生物学专业博士

工作经历：2001, 07 - 2003,12 吉林大学生命科学院分子酶学工程教育部重点实验室, 助教；2003, 12 - 2005, 07 吉林大学生命科学院分子酶学工程教育部重点实验室, 讲师；2005, 07 - 2006, 06 美国佛罗里达大学, 博士后；2006, 06 - 2012, 04 美国应用分子进化基金研究会(FfAME)，Research Scientist, Senior Scientist；2011, 09 – 目前中国科学院北京基因组研究所，研究员

生物通编辑：叶予

生物通推荐原文：precision methylome characterization of Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) using pacBio single-molecule real-time (SMRT) technology

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