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来自俄罗斯和德国的研究人员创建了一个基因组图谱,包含了6种哺乳动物和鸡的7个器官的发育选择性剪接变化。
这项研究发表在《Nature Genetics》杂志上。
随着编码RNA的蛋白质在真核生物中成熟,它会被剪接,一些部分被剪掉,剩下的部分被缝合在一起。选择性剪接意味着相同的RNA片段可以从成熟的RNA中剪掉,也可以保留在成熟的RNA中。在这种情况下,一个基因可以编码多个RNA,因此也可以编码多个蛋白质。
虽然选择性剪接对许多组织的发育和正常功能是必不可少的,其各种紊乱可能导致健康问题,但其功能和在全基因组水平上的调控仍然非常缺乏了解。对于不同物种中选择性剪接的比较研究大多是在成年生物体上进行的,但科学家认为选择性剪接在生物体的发育中起着非常重要的作用。
philipp Khaitovich教授和Skoltech神经生物学和大脑修复中心(CNBR)的研究科学家pavel Mazin以及来自德国海德堡大学的同事们决定填补这一空白。
他们利用RNA测序技术为6种哺乳动物和1种鸟类的7个不同器官(从器官发生到青春期的不同发育阶段)创建了一个可供选择的剪接图谱。该团队证明了选择性剪接在形成器官(如大脑、心脏和睾丸)方面的基本重要性,而对于肝脏、肾脏和卵巢来说,选择性剪接显示出的变化要弱得多,此外,结果发现所有被研究的物种都非常相似,并且主要在发育后期表达的基因中被检测到,同时在几个组织中也被检测到。
这表明选择性剪接主要用于创建在各种组织中起作用的组织特异性蛋白异构体。
“由于较高的生物和实验噪音,替代剪接很难处理。这个项目的另一个挑战是庞大的数据量:我们必须处理大约2000个样本。然而,更令人兴奋的是看到从这种混乱中出现的模式和新的见解,”主要作者pavel Mazin说。
原文检索:Alternative splicing during mammalian organ development
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